Dnia 28 września 2005 roku w siedzibie Urzędu Marszałkowskiego Województwa Podlaskiego podpisany został akt notarialny o ustanowieniu Fundacji Zielone Płuca Polski oraz został przyjęty Statut Fundacji. Sygnatariuszami Fundacji są: przedstawiciele 4 samorządów wojewódzkich - podlaskiego, warmińsko - mazurskiego, kujawsko - pomorskiego i pomorskiego, Narodowej Fundacji Ochrony Środowiska, reprezentanci kilku stowarzyszeń i organizacji społecznych oraz przedsiębiorcy.
Fundacja Zielone Płuca Polski została zarejestrowana w dniu 17.10.2005 r. i wydzielona jako oddzielna jednostka z Narodowej Fundacji Ochrony Środowiska z Biura Porozumienia Zielone Płuca Polski. Fundacja ZPP przejmuje dotychczasowy dorobek intelektualny i materialny Biura Porozumienia Zielone Płuca Polski podległego pod Zarząd Narodowej Fundacji Ochrony Środowiska, przy której funkcjonowało od 1990 roku.